中央財經大學稅務系副主任、著名經濟學家劉桓認為，部門利益之爭是征收燃油稅的難點，由于燃油稅的征收之后，基本上確定為國家撥款道路取消收費，而地方集資或公司投款建設的道路依然可以征收費用，直到成本收回為止，而且此舉與養路費并不一定有直接關系，因此原先被很多人擔憂的地方與中央財政之爭并不是很顯著。但另一方面，在征納人力成本降低的同時，人員的安置也是燃油稅開征后遇到的一大難題。現有的幾十萬道路收費相關人員必然需要進行合理安置，而稅務部門又不可能接收如此龐大的人力，如何解決這個問題也成為阻礙燃油稅實行的一大瓶頸。中央財經大學的計教授認為：第一，北京市每年平均收20多億元的養路費，一方面用于公路擴建，另一方面用于公路養護。而這部分錢被稅務局拿走后還會用于這些方面嗎？第二，費改稅征收有三個環節。一是源頭———從煉油廠、進口海關出來的油就是完稅的；二是中間環節，即批發；三是零售環節，也就是加油站。如果征燃油稅，則越從源頭征起越容易，但由此平衡各部門利益關系也就越難。
國家稅務總局科研所研究員張培森分析指出，由于各種收費的一個共同特征是自收自支，其支出又逃脫了各級人大的監督審查，那么收費就與各部門、各地區的利益特別是同有關人員的個人利益掛上了鉤，其收費的積極性自然就越來越高。
“燃油稅難產有幾個深層次的原因，例如：為了便于管理，我國傾向于在生產環節征收‘燃油稅’，這就存在如何對航空、鐵路等非公路部門進行利益補償的問題；如果在零售環節收取，管理會相當困難，‘黑加油站’也會出現；我國農民用油量非常大，對柴油加收燃油稅會不可避免地增加農民負擔，特別是有些燒油的農機根本就不占用公路資源；出租車、運輸等運營行業將面臨很大的壓力；對于用國家財政購買的公車來說，燃油稅又起不了多大的杠桿作用。”中國汽車工業咨詢發展公司首席分析師賈新光認為。
目前征收燃油稅的最大障礙就是國際油價。經濟學家劉桓指出，如果國際原油價格下降到22美元以下，就是開征燃油稅的良好時機。美伊戰爭期間，國際原油價格飆升，但目前，原油價格已經降到24－25美元左右，離理想油價已經不遠。按照估算，以97號汽油為例，目前價格是每公升3.1元左右，如果油價下降到2.7－2.8元，再加上1－1.5元的燃油稅，油價將可控制在4元以下，在大部分公路取消收費后，這是一個大部分駕車者都可以接受的價格。
何時出臺燃油稅，關鍵是看油價能否較長時間穩定在一個低價位水平。我國設計燃油稅時的國際油價是15美元/桶，但后來油價甚至超過30美元/桶，如果在這樣的油價下出臺燃油稅無疑會大大增加企業成本和居民支出。在過去幾年間，不管是國家稅務總局還是國家財政部的有關領導都曾多次表示燃油稅將擇機出臺，但“良辰吉日”卻一直難定。
